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PI染液（1mg/mL）是一種常用的細胞核熒光染料，是溴化乙錠（EB）的類似物，能夠嵌入DNA的堿基對間而結合，無顯著的序列偏好，大約每4-5個堿基對結合一個染料分子。PI也可與RNA結合，為區分DNA與RNA染色，通常需添加核酸酶處理。PI水溶液的最大激發/發射波長為493/636 nm，但與核酸結合后，熒光信號增強20-30倍，且最大激發/發射波長變為535/617
DAPI染液是一種常用于細胞核染色的藍色熒光染料，優先結合雙鏈DNA，尤其是與小溝中的AT區域結合。此外，DAPI亦可結合RNA，但結合模式不同。與DNA復合物相比，DAPI/RNA復合物的熒光發射波長較長（約500 nm），而DAPI/DNA復合物的發射波長為約460 nm。
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